Футбольная школа была открыта в сентябре 1975 года при городском отделе народного образования.
Директорами за время работы школы были:
- Лещук Владимир Федорович,
- Винокуров Александр Михайлович,
- Киселев Николай Александрович,
- Иноземцев Иван Анатольевич,
- с 2018 года директором является Слывка Иван Сергеевич.
В разное время в школе работали тренерами: Неделькин Г.М., Тищенко В.А., Думкин Г.П., Пушкарев А.Н., Мурдасов В.Л., Гузель М.Ф., Галямов Н.А., Осипов С.Н., Соловадченко В.И., Янин А.А., Данилов Ю.П. и ряд других.
Звание «Заслуженный работник физической культуры» присвоено Винокурову А.М., почетное спортивное звание «Заслуженный тренер РСФСР» присвоено Сиянову А.Г., спортивное звание «Мастер спорта» имеет Мурин А.М., нагрудным знаком «Отличник физической культуры и спорта» награжден Самохвалов А.В.
В 1989 году Министерством образования и науки Российской Федерации школе был присвоен статус «Школа олимпийского резерва», каждые четыре года школа подтверждала этот статус.
В 2008 году Российским футбольным союзом школе присвоен статус «Региональный центр подготовки футболистов» (в настоящее время только 30 школ России имеют такой статус).
С 1 января 2016 года МБУДО «ДЮСШ № 3» города Кургана имеет статус специализированного отделения футбола (приказ Департамента социальной политики Администрации города Кургана от 20.11.2015 г. № 452).
Педагогическими кадрами школа укомплектована. В специализированном отделении футбола работают 19 штатных тренеров-преподавателей, 2 совместителя, из них высшую квалификационную категорию имеют 8 человек, 1 категорию – 8 человек.
Тренеры-преподаватели постоянно повышают уровень своей квалификации, участвуют в методических семинарах и курсах, проводимых Российским футбольным союзом. Два тренера закончили Высшую школу тренеров (г. Москва). Несколько человек проходили стажировку в Голландии, Хорватии, Испании.
Для организации тренировочного процесса МБУДО «ДЮСШ № 3» имеет необходимую материально-техническую базу.
В МБУДО «ДЮСШ № 3» ежегодно занимаются около 1000 обучающихся. В текущем учебном году в школе занимаются 835 обучающихся. Ежегодно школа участвует в Первенствах России и УрФО по девяти возрастным группам.
Лучшие индивидуальные достижения:
- 11 человек играли в командах «Высшей лиги» СССР и РФ;
- Лоськов Дмитрий – член сборной команды России;
- Шурко Евгений и Шашков Сергей были членами юношеской сборной СССР;
- 7 игроков выступали за сборные команды страны в различных возрастных группах;
- 3 игрока с 2012 по 2014 годы стали серебряными призерами финала Первенства России в составе сборной команды УрФО по различным возрастам.
Лучшие командные результаты:
- 1991 г. – 9 воспитанников стали победителями Кубка РФ среди команд мастеров II лиги;
- 1994 г. – 8 воспитанников стали победителями Первенства России среди Любительских спортивных клубов, им присвоено спортивное звание «Мастер спорта»;
- 2014 г. – команда 2004 г.р. стала победителем Первенства России среди команд Детской футбольной лиги.
С 2015 года в Перечень видов деятельности, которые учреждение вправе осуществлять в соответствии с его учредительными документами, входит «Проведение тестирования выполнения нормативов, испытаний (тестов) комплекса ГТО».
В 2019 году на базе МБУДО «ДЮСШ № 3» открыто отделение фитнес-аэробики.